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一、增值税抵扣链条不完整，部分企业税负增加。我国目前增值税仅仅在工业生产和商品流通两个环节征收，第一产业和第三产业大部分业务仍被排除在征收范围之外，如与工业和商业关系十分密切的交通运输和建筑安装等领域继续征收营业税，使增值税抵扣链条中断，也不符合税收的普遍性和增值税的中性特征，增值税的优越性难以充分发挥。同时在“营改增”推进过程中也面临许多新问题，可能导致税改后税收反而大幅增加。如农产品加工企业等以农产品为原料的生产者，往往直面农户个人和基层合作组织，难以取得增值税发票。又如建筑安装业，其原营业税3%，税改试点后销项税11%，虽然可抵扣进项税，但适用于17%抵扣的建筑材料较少，而适用于6%抵扣的沙石、土、砖瓦、石灰、混凝土较多，导致施工企业购入以上材料将增加5%纳税成本，同时甲供材料、自采材料等方式在建筑合同中普遍存在，更是加大了建筑业实际税负。另外人工成本无法抵扣，建筑工程人工费占工程总造价的20%～30%，而劳务用工主要来源于成建制的建筑劳务公司及零散的农民工。建筑劳务公司作为建筑业的一部分，为施工企业提供专业的建筑劳务，取得劳务收入按11%计征增值税销项税，却没有进项税额可抵扣，与原3%营业税率相比，增加了8%的税负，劳务公司作为微利企业难以承受；农民工提供零星劳务产生的人工费，没有增值税发票，无可抵扣的进项税额，势必加大建筑施工税负。
二、“双主体”税制结构失衡。现行税制结构中，流转税比重偏高，所得税比重过小。流转税和所得税这两个主体税种结构的失衡，增值税、消费税、营业税和进出口环节增值税和消费税等流转税合计占税收总量2/3左右，而所得税占比仅为1/4，既不利于主体税种的互相配合，更不利于发挥所得税的调控作用。流转税和所得税内部结构失衡。流转税中消费税比重小，增值税比重大，调节消费的功能较弱，税负存在明显不均衡现象。部分缴纳增值税的纳税人因不能够取得合法增值税抵扣凭证，无法进行抵扣或者抵扣减少，实际税负高；缴纳消费税的纳税人，因消费税征税范围比较窄，且征收环节单一，导致税负明显偏低，不但起不到调节消费的作用，而且组织收入也明显不足。所得税中企业所得税的比重高，个人所得税比重低，不利于发挥税收的收入调节功能。企业所得税在两税合并后也存在一些问题:由于企业所得税涉及面广、专业性强，在执行企业所得税相关政策、落实税收优惠过程中，政策可操作性、优惠政策合理性、理论法规与征收实务契合性等方面存在一些问题。
三、国税地税机构分设弊端明显。1994年我国实施“分税制”财政体制,实行国税、地税两套机构分设。这对于保证中央财政收入稳定取得,强化税收监督,调动地方政府理财增收的积极性,发挥了重要作用。但随著经济发展和改革深入,分设两套机构带来的弊端也日渐显现。主要表现在税务人力资源重复配置,人力、物力、财力资源浪费严重,税收成本较高，精细化管理不到位；国税地税管理权限交叉，工作相互制约；纳税人的纳税成本成倍增加；地方政府的财权与事权不相统一，不利于工作开展；仍然存在国税部门征地税，地税部门征国税的交叉现象，违背了国税与地税分设的初衷。同时税收管理的绩效评估缺乏综合的考核体系，仍以完成税收收入计划任务为主要指标;税收信息化的效率和质量有待提高，部门间信息协调、信用体系共建滞后。
